Little Witch Academia - "Hati yang percaya adalah sihirmu!" - ini adalah kata-kata yang Atsuko "Akko" idola Kagari, penyihir terkenal Shiny Chariot, berkata kepadanya selama pertunjukan sulap tahun lalu. Sejak itu, Akko telah hidup dengan kata-kata ini dan bercita-cita menjadi penyihir seperti Shiny Chariot, salah satu yang dapat membuat orang tersenyum. Oleh karena itu, bahkan latar belakang sihirnya tidak menghentikan dia mendaftar di Akademi Sihir Luna Nova. Namun, ketika Akko bersemangat akhirnya berangkat ke sekolah barunya, perjalanan ada sesuatu tapi halus. Setelah perjalanan berbahaya nya, dia berteman Lotte Yansson pemalu dan Manbavaran Sucy sarkastik. Untuk paling senangnya, ia juga menemukan tongkat Chariot, yang Shiny Rod, yang ia mengambil sebagai miliknya. Sayangnya, waktunya di Luna Nova akan terbukti lebih menantang daripada yang pernah dipercaya Akko. Dia benar-benar menolak untuk tetap rendah diri dengan teman-temannya, terutama untuk dirinya sendiri-dinyatakan saingan, yang indah dan berbakat Diana Cavendish, jadi dia bergantung pada tekad untuk mengimbangi perilaku sembrono dan ketidakadilannya dalam sihir. Dalam waktu ketika sihir menurun, Little Witch Akademia mengikuti petualangan magis Akko dan teman-temannya karena mereka belajar arti sebenarnya dari menjadi penyihir.