Toaru Majutsu no Index - Akademi City, Jepang, berada di garis depan ilmu pengetahuan. Selain menjadi 30 tahun di depan dunia teknologi, lebih dari tiga puluh empat populasi kota aneh ini terdiri dari siswa mengembangkan kemampuan psikis mereka sebagai pendukung dalam berbagai lembaga. Di antara siswa-siswa ini adalah Touma Kamijou, seorang anak SMA dengan peringkat terendah dari nol, tapi dengan kekuatan misterius ilmuwan tidak bisa mengerti: "Bayangkan Breaker", yang memungkinkan dia untuk meniadakan kemampuan supranatural lainnya. Ini, bagaimanapun, tidak mempengaruhi hidup Kamijou dalam setidaknya saat ia memainkan perannya sebagai seorang remaja biasa, yaitu, sampai ia bertemu aneh Perpustakaan Prohibitorum, seorang gadis muda yang telah menghafal seluruh grimoire terlarang, dan sekarang sebuah organisasi berbahaya memburu Indeks bawah. Dengan beberapa pesulap yang ingin menyakiti gadis itu, Kamijou akan membela teman barunya dengan segala cara saat ia menemukan dunia baru yang aneh dari supranatural.