Tasogare Otome x Amnesia - Seikyou Swasta Academy, dibangun di atas intrik mitos okultisme tradisional, beruang masa lalu gelap - selama 60 tahun, telah dihantui oleh hantu yang dikenal sebagai Yuuko, seorang wanita muda yang misterius meninggal di ruang bawah tanah bangunan sekolah tua. Dengan tidak adanya memori tentang hidupnya atau kematian, Yuuko diam-diam menemukan dan kepala Klub Investigasi Paranormal untuk mencari jawaban. Sebuah pertemuan membawa Yuuko untuk berpegang teguh pada murid baru yang rajin Teiichi Niiya, yang dapat melihat hantu aneh. Mereka cepat tumbuh dekat, dan ia memutuskan untuk membantunya. Bersama dengan Kirie Kanoe, kerabat Yuuko, dan tahun kedua tak sadar, Momoe Okonogi, mereka menyelidiki jauh ke dalam terkenal Tujuh Misteri dari sekolah bertingkat.