Shironeko Project: Zero Chronicle - Dunia terbagi menjadi dua kerajaan: Kerajaan Putih, yang mengapung di surga dan diperintah oleh Ratu mereka, Iris, dan Kerajaan Hitam, yang berdiri di atas tanah terpencil di bawah ini dan menjadikan Raja Kegelapan sebagai pemimpinnya. Akhir-akhir ini, kekuatan jahat telah mengumpulkan kekuatan besar, menyamar sebagai ancaman bagi seluruh dunia. Menjadi wakil utama dari Cahaya, itu adalah tugas Iris 'untuk menjaga keseimbangan dunia dan memerangi kegelapan di kerajaannya. Sementara itu di Kerajaan Hitam, monster mengamuk memusnahkan desa anak-anak, meninggalkan dia satu-satunya yang selamat. Saat ia sedih dalam keputusasaan, seorang pria lapis baja bernama Skeer pemberitahuan anak dan kenyamanan dia. Segera setelah itu, Skeer menyadari potensi anak itu untuk mengubah status quo kerajaan dan membuatnya ahli warisnya sebelum meninggal. Anak itu kemudian bersumpah untuk menjadi Pangeran Kegelapan - orang yang akan menggantikan Raja - untuk membawa dunia kembali ke jalan yang sah. Seperti Iris dan Pangeran Kegelapan masing-masing menantang azab yang akan datang Dunia menghadapi dengan cara mereka masing-masing, Nasib mereka akan berkumpul dengan satu sama lain, dan mungkin, ikatan mereka akan memutuskan nasib dunia.