Shakugan no Shana Season 2 - Denizens dari Crimson Realm terus menyusup ke Misaki City dan mencuri energi kehidupan dari manusia. Untuk memerangi ancaman ini, Flame Hazes ditugaskan untuk menyelamatkan manusia dari kehilangan eksistensi mereka. Tapi sementara itu adalah tugas Flame Haze untuk melindungi manusia, Shana - "Flame- Haired Burning-Eyed Hunter" - tampaknya memfokuskan perhatiannya pada satu manusia khususnya: Yuuji Sakai, seorang anak remaja yang sengaja diseret ke dalam pertarungan antara Crimson Denizens dan Flame Hazes. Sejak pertemuan pertama dengan Yuuji, Shana mulai melihatnya lebih dari sekedar teman. Sebenarnya, Yuuji bertanya-tanya apakah Shana pernah mengungkapkan perasaannya padanya sebelumnya, tapi sulit baginya untuk mengkonfirmasi karena kepribadiannya yang seksi dan dingin. Meskipun demikian, hari-hari mereka berlalu seperti yang lain, sampai siswa transfer baru tiba di sekolah tinggi mereka - orang yang menanggung kemiripan mencolok dengan musuh lama. Yuji dan Shana tidak punya waktu untuk menari bersama perasaan mereka satu sama lain, sementara musuh mereka dari organisasi Bal Masqué merencanakan serangan mereka berikutnya, keduanya harus menjaga penjaga mereka saat mereka menjelajahi asal-usul belakang benda ajaib yang diinginkan dalam tubuh Yuji, "Midnight Lost Child".