Seikon no Qwaser - Ketika ayah Tomo Yamanobe - mantan kepala sekolah Saint Mikhailov Academy - menghilang, ia meninggalkan apa-apa kecuali sebuah karya seni yang disebut "ikon". Segera setelah dia menghilang, rumor tentang pembunuh berantai menyerang siswa perempuan di akademi mulai menyebar. Sebagai Tomo dan adiknya Mafuyu Oribe kepala rumah setelah tersiksa di sekolah, Tomo perjalanan selama seorang anak berambut perak terluka yang tiba-tiba menghilang sementara dirawat. Mafuyu pergi untuk mencarinya, hanya untuk menemukan bahwa gereja memegang ikon terbakar. Ketika dia mencoba untuk menyimpan lukisan itu, rumor pembunuh berantai tiba-tiba menyerangnya dengan kemampuan misterius untuk mengendalikan magnesium. Muncul entah dari mana, bocah berambut perak, yang bisa mengendalikan besi, menyelamatkan Mafuyu. Mafuyu tahu bahwa anak itu, bernama Alexander Nikolaevich "Sasha" Neraka, adalah "qwaser" - makhluk yang mampu mengendalikan elemen melalui kekuatan "soma", diterima melalui tindakan menyusui. Bingung oleh cobaan berat, Mafuyu mencoba untuk melewatinya dengan sedikit keberuntungan, sebagai Sasha transfer ke kelasnya keesokan harinya. Apa yang akan terjadi dengan kehidupan sekolah normal Tomo dan Mafuyu dengan bahaya qwasers lain menjulang dekat dengan mereka?