Rail Wars! - Rail Wars! berlangsung di alam semesta alternatif di mana pemerintah Jepang tetap mengendalikan sistem kereta api bangsa. Karena stabilitas yang diberikan oleh kepemimpinan pemerintah, sistem kereta api diperbolehkan untuk berkembang. Naoto Takayama bercita-cita menjadi karyawan kereta api nasional Jepang karena kehidupan yang nyaman yang memungkinkan dia untuk hidup. Dalam rangka untuk mencapai hal ini ia memasuki program pelatihan, di mana siswa harus menunjukkan pengetahuan mereka kereta serta kemampuan mereka untuk siap untuk setiap tantangan yang mungkin muncul. Selama periode waktu ini ia akan bertemu siswa lain seperti Aoi Sakura, yang terus-menerus lapar Sho Iwaizuzumi, dan ensiklopedia Haruka Komi manusia. Bersama-sama mereka akan bekerja menuju bertahan masa pelatihan mereka, semua saat mengambil pada penjambret tas, ancaman bom, dan hantu menjulang dari kelompok "RJ" ekstremis yang ingin memprivatisasi sistem kereta api.