Qualidea Code - Pada hari yang tenang dan damai, langit terbelah terbuka dan makhluk ekstra dimensi, ditunjuk sebagai Unknown, meluncurkan cepat dan brutal serangan terhadap kemanusiaan. Untuk melindungi masa depan negara, semua anak-anak Jepang dibekukan sampai akhir perang untuk menjaga mereka dari bahaya. Beberapa tahun berlalu, dan kemanusiaan telah mendirikan pijakan di sudut Jepang, yang sekarang berfungsi sebagai garis depan perang. Tidak lagi menghadapi kepunahan manusia, anak-anak terbangun dari tidur mereka. Hal ini kemudian ditemukan bahwa, sementara dalam kriogenesis, anak-anak telah mengembangkan Worlds, kekuatan supranatural unik untuk setiap orang. Enam anak yang paling kuat diberikan perintah dari kota-kota reklamasi, menggunakan kekuatan mereka untuk mempertahankan benteng-benteng melawan invasi terus. Teman-teman kecil Ichiya Suzaku dan Canaria Utara memimpin Tokyo, saudara kandung Kasumi dan Asuha Chigusa mengelola Chiba, dan Madhime Tenkawa dan Hosaru Rinduu mengawasi Kanagawa. Seiring waktu, serangan yang hampir rutin dari Unknown dan kepribadian bentrokan kepala kota dan subhead menumbuhkan persaingan kecil, menyebabkan argumen konstan antara tiga kota. Dengan tak dikenal tiba-tiba meningkatkan tekanan serangan mereka, pemimpin tiga kota harus belajar bagaimana bekerja sama atau risiko kehilangan garis terakhir pertahanan terhadap kepunahan manusia.