Persona 5 the Animation - Ren Amamiya, murid pindahan baru di Akademi Shujin, dikirim ke Tokyo untuk tinggal bersama keluarganya Sojiro Sakura setelah mendapat masa percobaan karena membela seorang wanita dari pelecehan seksual. Sementara dalam perjalanan untuk menghadiri hari pertamanya di sekolah barunya, Ren menyadari sebuah aplikasi aneh muncul di ponselnya, memindahkannya ke dunia yang dikenal sebagai Metaverse, yang berisi "bayangan": gambaran terdistorsi dari diri mereka yang sebenarnya. Dalam Metaverse, ia terbangun nya Persona, kekuatan dari dalam yang memberinya kekuatan untuk melawan bayang-bayang. Dengan bantuan siswa bermasalah sama, ia membentuk Phantom Pencuri Hati, berusaha untuk menyelamatkan orang-orang dari keinginan berdosa mereka dengan "mengambil hati mereka", membuat menyesal kejahatan mereka tindakan dan menyerahkan daun baru. Reputasi kelompok ini terus berkembang pesat, membawa ketenaran baik positif maupun negatif. Namun, selama puncak popularitas mereka, Ren ditangkap dan ditahan. Di sini, ia bangun untuk interogasi keras, tapi ini dipotong pendek oleh kedatangan Sae Niijima - jaksa mencari jawaban. Hanya bagaimana dia akan bereaksi terhadap ceritanya, dan apa yang akan menjadi Pencuri Phantom?