Muv-Luv Alternative: Total Eclipse - Pada tahun 1973, berikut kejam enam tahun - Perang Lunar panjang, alien bermusuhan dikenal sebagai BETA - Makhluk-makhluk Terrestrial Ekstra asal yang Pengumuman umat manusia - menginvasi Bumi, membunuh miliaran dan memusnahkan Eurasia. Sementara BETA dapat dihancurkan dengan senjata konvensional, kelas mereka mampu menghapus seluruh armada pesawat, memaksa umat manusia untuk mengembangkan pakaian tempur raksasa disebut Taktis Surface Fighters (TSF) untuk memerangi mereka. Ketika BETA mencapai Jepang pada tahun 1998, siswa sekolah militer dan pilot TSF - atau eishi - Yui Tavida diperintahkan untuk mempertahankan garis pertahanan terakhir Kyoto dengan teman-teman sekelasnya. Dengan mengorbankan nyawa manusia yang tak terhitung jumlahnya dan pengorbanan teman-teman Yui, Tentara Kekaisaran Jepang berhasil mengusir penjajah, meninggalkan kehancuran di belakangnya. Namun, pertemuan ini daun Yui bertekad untuk tidak pernah lagi memungkinkan sesuatu seperti ini terjadi. Tiga tahun kemudian, sekarang seorang letnan, Yui bergabung dengan proyek XFJ, sebuah Alaska berbasis Jepang-Amerika program pengembangan TSF. Dalam sebuah tim internasional yang terdiri dari pilot uji coba Yapanese- Amerika Yuuya dan berbagai eishi dari negara-negara yang hilang ke BETA, Yui tugas adalah untuk membantu mengembangkan baru TSF Shiranui Jepang. Di tengah ketegangan politik yang diwariskan dari Perang Dingin, Muv-Luv Alternatif: Total Eclipse mengikuti misi halus Yui dan perjalanan Yuuya untuk mengatasi setan masa lalu yang masih menghantuinya.