Musaigen no Phantom World - Phantom: entitas supranatural seperti hantu atau youkai yang, sampai baru-baru ini, dianggap takhayul. Namun, ketika virus yang menginfeksi otak menyebar ke seluruh masyarakat, persepsi orang tentang perubahan dunia sebagai makhluk mitos terungkap telah hidup bersama kemanusiaan sepanjang waktu. Virus ini juga mempengaruhi generasi berikutnya secara signifikan, memungkinkan mereka untuk mengembangkan kemampuan khusus yang dapat mereka gunakan untuk melawan hantu berbahaya. Haruhiko Ichijou dan Mai Kawakami adalah dua dari mereka yang diberikan kekuatan tersebut - Haruhiko memiliki kemampuan untuk memanggil dan segel phantom melalui gambar, sementara Mai mempengaruhi kekuatan elemen ke dalam seni bela diri. Bersama-sama, bersama dengan hantu ramah Ruru, mereka membentuk Tim E dari Akademi Hosea, yang didedikasikan untuk berurusan dengan makhluk-makhluk nakal ini. Di dunia di mana intertwine nyata dan nyata, mereka menangani masalah sehari-hari disebabkan oleh phantom.