Medaka Box Season 2 - Setelah kekalahan Youi Unzen di tangan Medaka Kurokami dan Dewan Mahasiswa nya, perdamaian telah kembali ke Akademi Hakoniwa - setidaknya, untuk sementara waktu. Segera, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune, dan Mogana Kikaijima menemukan diri mereka terbungkus dalam skema jahat lain, yang dikenal sebagai "Rencana Flask", yang dipimpin oleh kepala sekolah itu sendiri. Namun, masalah pertama dewan adalah untuk berurusan dengan kelompok baru mahasiswa super menyebut diri mereka "13 Partai", dipimpin oleh egois tapi kuat Oudo Miyakonojou. Dengan rencana palsu yang misterius, tirani Oudo, dan kebangkitan kembali musuh lama, keadaan Akademi Hakoniwa jauh dari ketenangan, dan Medaka dan teman-temannya memiliki tangan penuh dengan hal-hal yang hanya mendapatkan lebih banyak abnormal.