Mahou Shoujo Site - Setiap hari, Aya Asagiri berpikir tentang bunuh diri. Dia diganggu tanpa henti di sekolah, dan di rumah, kakaknya Kaname secara fisik menyiksanya untuk meringankan tekanan akademik yang diberikan padanya oleh ayah mereka. Suatu malam, saat ia berbaring terjaga berharap untuk mati, situs misterius yang disebut Magical Girl Site muncul di laptop nya, berjanji untuk memberinya kekuatan magis. Pada awalnya, dia mengabaikannya sebagai lelucon menyeramkan, tapi ketika dia menemukan pistol ajaib di loker sepatunya keesokan harinya, dia tidak tahu apa yang harus dipercaya. Memutuskan untuk membawanya dengan dia, dia segera berjalan ke pengganggu sekali lagi. Tapi kali ini, putus asa untuk apa pun untuk menyelamatkannya, dia menggunakan pistol - dan penyerang nya diangkut ke persimpangan kereta api terdekat, di mana mereka ditabrak. Hati nurani Aya tidak mampu menangani fakta bahwa dia membunuh dua teman sekelasnya dengan sihir, dan dia mati-matian mencoba untuk memahami situasi. Namun, ketika dia menemukan dirinya dalam kesulitan lagi, dia diselamatkan oleh Tsuyuno Yatsumura, seorang teman sekelas yang dapat menggunakan sihir untuk menghentikan waktu. Duo ini memiliki banyak hal yang harus dilakukan: tidak hanya mereka harus berjuang bersama dan melawan gadis-gadis ajaib lainnya, tetapi mereka juga perlu untuk mengungkap kebenaran di balik situs dan peristiwa apokaliptik dikenal sebagai "Tempest" yang segera terjadi.