Lord El-Melloi II-sei no Jikenbo: Rail Zeppelin Grace Note - Sepuluh tahun setelah menghadapi kekalahan dalam Perang Cawan Suci Keempat, Waver Velvet, sekarang Lord El- Melloi II, mengajar kelas di Clock Tower - pusat pendidikan untuk penyihir. Namun, status barunya sebagai Tuhan datang dengan gua: mematuhi perintah Reines, adik adik almarhum Kayneth El- Melloi, sampai dia cukup tua untuk memerintah Rumah El- Melloi. Waver, bersama dengan muridnya yang misterius Gray, mengambil serangkaian kasus yang ditugaskan oleh Reines dan Asosiasi Penyihir. Dengan setiap kasus terbukti lebih kompleks daripada yang terakhir, bisa ada lebih ke Menara Jam daripada memenuhi mata, dan apa rahasia yang disembunyikan Reines?