Jibaku Shounen Hanako-kun Season 2 - Ada rumor di Kamome Academy bahwa suatu tempat di dalam sekolah terletak jam yang mengatur perjalanan waktu di akademi. Jam itu diawasi oleh tiga penjaga jam - masing-masing mewakili masa lalu, sekarang, dan masa depan. Meskipun demikian, peristiwa yang tak terduga menyebabkan kekacauan, dengan siswa cepat menua dan infrastruktur akademi berantakan. Nene Yashiro dan Kou Minamoto meminta bantuan dari Hanako-kun, memulai petualangan baru untuk menemukan mereka yang bertanggung jawab atas kekacauan ini. Namun, apa yang mereka mengungkap adalah lebih dari sekedar identitas pelaku '. Seperti kebenaran tersembunyi terungkap dan janji baru didirikan, siswa akademi dan pakaiannya menemukan diri mereka dalam permainan nasib, di mana hidup berjuang untuk membebaskan diri dari genggamannya.