Hyakka Ryouran: Samurai Girls - Dengan pemandangan yang indah dan orang-orang makmur, Jepang Agung adalah iri dari semua negara lain. Tapi ancaman serius melayang di seluruh negeri. Penjaga misterius yang dikenal sebagai Master Samurai adalah satu-satunya pertahanan Jepang Besar. Atas perintah dewan mahasiswa, samurai muda Muneakira Yagyuu tiba di Buou Akademik School. Dijalankan oleh Shogun Tokugawa, di sini anak-anak prajurit diberikan pendidikan aristokrat yang diperlukan untuk menjalankan negara. Sekolah ini dipimpin oleh presiden dewan mahasiswa Yoshihiko Tokugawa dan adiknya Sen, yang juga kebetulan teman masa kecil Muneakira. Setelah tiba di akademi, Muneakira menemukan dirinya di tengah-tengah pertarungan yang mengerikan. Selama kekacauan, langit dipenuhi dengan cahaya putih aneh dan seorang gadis misterius bernama Juubei Yagyuu muncul dan tiba-tiba mencium Muneakira. Dengan ciumannya, dia membangkitkan kekuatan tak dikenal yang melindungi mereka. Siapa gadis ini, dan dari mana dia berasal? Muneakira menemukan dirinya terjerat dalam nasib negara dan ancaman yang akan mengguncang Besar Jepang ke intinya. Dia harus belajar rahasia di balik Master Samurai dan ciuman yang membangkitkan kekuatan Juubei untuk melindungi negaranya.