Haiyore! Nyaruko-san - Mahiro Yasaka hanyalah siswa SMA biasa, sampai suatu hari dia tiba-tiba diserang oleh monster berbahaya. Hanya ketika semuanya tampaknya hilang, ia diselamatkan oleh seorang gadis berambut perak bernama Nyaruko, yang mengaku menjadi bentuk pergeseran dewa Nyarlathotep dari penulis horor H. P. Lovecraft Cthulhu Mythos, dikirim oleh Space Pertahanan Agency ke Bumi. Dia menjelaskan kepada Mahiro bahwa makhluk yang mengejarnya adalah alien bernama Nightgaunt, yang berencana menculik dan menjualnya sebagai budak. Setelah menyelamatkannya dari alien, dewa Lovebraftian jatuh cinta dengan Mahiro dan memaksa dirinya ke dalam rumahnya, banyak untuk kecewa. Selain itu, mereka segera bergabung dengan dua orang lain dari dunia fiksi: Cthuko, seorang gadis yang terobsesi dengan Nyaruko, dan Hasuta, seorang anak laki-laki muda dengan mudah keliru untuk wanita cantik. Bersama-sama, tiga alien eksentrik melindungi Mahiro dari berbagai bahaya luar bumi yang mengancam baik dirinya dan Bumi kesejahteraan, semua sementara membuat hidupnya neraka.