Grisaia no Rakuen - Grisaia no Rakuen dimulai tepat di akhir angsuran sebelumnya, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji ditangkap atas tuduhan terorisme. Sebuah video menunjukkan bukti nyata bahwa Yuuji melakukan tindakan ini, dan ia ditahan oleh Ichigaya. Ichigaya tahu betul bahwa Yuuji tidak melakukan kejahatan yang dituduhkan padanya. Tapi dia gagal membunuh Heath Oslo, yang merupakan pemimpin organisasi teroris dengan senjata yang sangat menghancurkan di tangan mereka. Bahkan, Ichigaya memiliki rencana mereka sendiri untuk Yuuji... Tapi semua mungkin tidak akan hilang untuk Yuuji. Gadis-gadis dari Akademi Mihama tidak akan membiarkan Yuuji digunakan untuk keuntungan politik, dan mungkin juga sosok baru misterius yang muncul di depan mereka.