Gate: Jieitai Kanochi nite, Kaku Tatakaeri - Petugas Kepolisian Jepang (JSDF) dan otaku Youji Itami sedang dalam perjalanan untuk menghadiri konvensi doujin di Ginza, Tokyo ketika portal misterius dalam bentuk gerbang besar tiba-tiba muncul. Dari gerbang ini, makhluk supranatural dan prajurit CAD di abad pertengahan muncul, pengisian melalui kota, membunuh dan menghancurkan segala sesuatu di jalan mereka. Dengan tindakan cepat, Youji menyelamatkan sebanyak yang dia bisa sementara sisa JSDF langsung upaya mereka untuk menghentikan invasi. Tiga bulan setelah serangan itu, Youji telah ditugaskan memimpin tim pengintaian khusus, sebagai bagian dari satuan tugas JSDF, yang akan dikirim ke dunia luar gerbang - sekarang disebut sebagai "Daerah Khusus". Mereka harus melakukan perjalanan ke dunia yang tidak diketahui ini untuk belajar lebih lanjut tentang apa yang mereka hadapi dan mencoba untuk berteman dengan penduduk setempat dengan harapan menciptakan hubungan damai dengan kerajaan yang berkuasa. Tetapi jika mereka gagal, mereka menghadapi konsekuensi berpartisipasi dalam perang yang menghancurkan yang akan menelan kedua sisi gerbang.