Full Metal Panic! Season 2 - Setelah mengatasi berbagai peristiwa heboh, Sersan Sousuke Sagara dari Mithril dan "Disguered" gadis sekolah Kaname Chidori kembali ke kehidupan normal SMA mereka. Sousuke terus upayanya untuk mengasimilasi dengan penduduk sipil dan mengelola misinya pada saat yang sama, sementara Kaname mencoba untuk mendukung usahanya (meskipun kejenakaan sering mendorong ke dinding). Namun, saat hidup mereka tenang, masalah baru mulai muncul. Penampilan organisasi teroris independen yang dikenal sebagai Amalgam dan konflik internal dalam Mithril mengancam untuk mendatangkan persatuan menjadi serangkaian kegagalan dan pengkhianatan. Dan model baru Arm Slave yang kuat hanya memperburuk situasi ketika dunia damai dipertaruhkan. Saat Kaname dan Sousuke menghadapi pertempuran batin mereka sendiri di tengah pertempuran yang mengancam, akankah mereka bisa membuat pilihan yang tepat dan mengubah masa depan mereka?