Full Metal Panic? Fumoffu - Sersan Sousuke Sagara kembali ke SMA Jindai untuk melindungi aset perang yang berharga, Kaname Chidori, dari ancaman apapun. Namun, kurangnya keterampilan sosial dan pengalaman hidup yang sebenarnya... mengakibatkan situasi yang lucu dan berbahaya, membahayakan kehidupan sekolah damai Kaname. Sebagai Sousuke terus membawa berbagai senjata ke sekolah sebagai sarana untuk memecahkan ancaman - nyata atau palsu - Kaname perjuangan untuk memenuhi tugasnya sebagai wakil presiden dewan mahasiswa semua sementara menjaga dia di cek. Untuk memastikan misi sukses, Sousuke kadang-kadang dipaksa untuk menggunakan kostum dari maskot taman hiburan terkenal bernama Bonta-kun. Dengan keahlian teknisnya, ia akhirnya mengubah seragam yang exuberant menjadi keunggulan-ujung yang hanya memiliki satu disfungsi: penerjemah suara hanya dapat menghasilkan suara "mofu". Full Metal Panic? Fumoffu menggambarkan petualangan dari Kaname dan Sousuke karena mereka mencoba untuk menjalani kehidupan sekolah mereka yang normal meskipun kekacauan mereka sengaja menyebabkan.