Sinopsis

Perang Holy Grail ke-5 berlanjut, dan kekacauan yang terjadi menghasilkan taruhan yang lebih tinggi untuk semua peserta. Shirou Emiya terus berpartisipasi dalam perang, bercita-cita menjadi pahlawan keadilan yang menyelamatkan semua orang. Dia menetapkan untuk mencari kebenaran di balik bayangan gelap misterius dan pembunuhan massal, bertekad untuk mengalahkannya. Sementara itu, Shinji Matou mengatur rencananya sendiri, mengancam Shirou melalui adiknya Sakura Matou. Shirou dan Rin Toosaka bertarung dengan Shinji, berharap untuk membebaskan Sakura dari kekejaman adiknya. Tapi kebenaran buruk dari Matou bersaudara mulai muncul, dan banyak rahasia gelap yang terungkap. Fate / stay night Movie: Kupu-kupu yang hilang terus fokus pada sisa Master dan Pegawai karena mereka berkelahi satu sama lain dengan harapan mendapatkan Cawan Suci. Namun, sebagai kegelapan muncul dalam Fuyuki City, bahkan keadaan perang suci mereka bisa dalam bahaya.