Sinopsis

Pada 2015, Organisasi Keamanan Chaldea menarik para ahli baik bidang magis dan duniawi untuk mengamati masa depan umat manusia untuk kemungkinan peristiwa kepunahan. Kelangsungan hidup manusia tampaknya terjamin untuk abad berikutnya - sampai vonis tiba-tiba berubah, dan sekarang pemberantasan spesies menunggu pada akhir 2016. Penyebabnya tidak diketahui, tapi tampaknya terkait dengan kota Jepang Fuyuki dan peristiwa tahun 2004 selama Perang Cawan Suci kelima. Dalam menanggapi, Chaldea memanfaatkan sebuah alat eksperimen perjalanan waktu, teknologi Rayshift. Dengan itu, Ritsuka Fujaru, seorang pemuda yang baru direkrut ke organisasi, dan gadis misterius Mash Kyrielight, bisa kembali ke tahun 2004 dan menemukan cara menyelamatkan umat manusia. Sebuah perintah besar untuk melawan nasib telah dinyatakan - perintah untuk mengubah masa lalu dan mengembalikan masa depan.