Edens Zero Season 2 - Sekarang dalam kepemilikan dari Edens Zero, Shiki Granbell telah mengumpulkan Empat Bintang Shining. Dengan bantuan teman-teman barunya, Shiki akan bisa menembus Dragonfall - perbatasan Sakura Cosmos penuh dengan naga mekanis. Setelah itu tercapai, ia dapat melanjutkan pencariannya untuk menemukan Dewi Ibu. Sebelum Edens Zero kru dapat memajukan perjalanan mereka, mereka melihat kapal perang misterius mengikuti mereka. Setelah mengetahui bahwa kapal - Belial Gore - milik Drakken Joe, Shiki dan krunya mencoba untuk menyusup, niat untuk mencari tahu mengapa Alchemist Gelap adalah setelah mereka. Dalam prosesnya, Edens Zero disandera oleh bawahan Drakken. Meskipun mereka dalam situasi sulit, Shiki menolak untuk mundur. Bekerja sama dengan teman-temannya, Shiki harus menjatuhkan Dark Alchemist jika dia berharap bisa keluar dari Belial Gore hidup-hidup.