Boku no Hero Academia: Sukue! Kyuujo Kunren! - SMA UA harus mendapatkan kembali kepercayaan publik setelah serangan penjahat mengejutkan selama sesi pelatihan kelas 1-A. Meskipun beberapa guru terluka parah dalam serangan itu, Izuku "Deku" Midoriya dan teman sekelasnya harus terus belajar dan berlatih, dan memanfaatkan kebiasaan mereka dalam berbagai lingkungan dan keadaan. Boku no Hero Akademia: Kyuujo Kunren! mengikuti kelas 1-A saat mereka mencoba untuk akhirnya menyelesaikan pelatihan mereka. Namun, ada sosok bertopeng berkeliaran di sekitar pusat pelatihan. Apakah penjahat yang bertanggung jawab atas insiden sebelumnya kembali untuk menyelesaikan pekerjaan? Jika demikian, adalah siswa siap untuk melawan?