Blue Archive the Animation - Kivotos adalah megalopolis federal terdiri dari ribuan sekolah dan dipimpin oleh General Student Council (GSC), yang bertindak sebagai badan pemerintahan. Ironisnya, meskipun menjadi sebuah kota akademi, Kivotos penuh dengan kekerasan senjata, dan semua siswa memegang senjata api sebagai bagian dari kehidupan sehari-hari mereka. Seolah-olah krisis di Kivotos tidak cukup, presiden GSC tidak bisa ditemukan. Untungnya, sebelum dia tiba-tiba menghilang, presiden GSC meminta bantuan Sensei - seorang guru yang paling mungkin satu-satunya di Kivotos - untuk mendukung siswa di waktu mereka membutuhkan. Aksi pertama Sensei adalah untuk membantu SMA Abydos, akademi bergengsi sekali sekarang dengan hanya lima siswa yang hadir. Murid-murid yang tersisa ini melakukan segala yang mereka bisa untuk membayar hutang akademi mereka hampir satu miliar yen.