Ansatsu Kyoushitsu - Tersandung di pegunungan dekat sekolah elit Kunugigaoka terletak bangunan kecil yang menampung para penjahat dan putus sekolah kelas 3-E. Melihat ke bawah atas oleh rekan-rekan mereka, siswa di kelas ini tampaknya memiliki sedikit harapan dalam memajukan karir akademis mereka. Artinya, sampai pemerintah nasional tugas mereka dengan menghilangkan ancaman terbesar untuk planet mereka: guru baru mereka. Setelah sudah menghancurkan bulan, octopus- seperti profesor - dijuluki "Koro- sensei" - sekarang mengancam untuk menghancurkan bumi pada Maret tahun berikutnya. Mengingat misi mereka, para siswa telah menemukan bahwa membunuhnya lebih mudah dikatakan daripada dilakukan. Tidak hanya Koro- sensei bergerak pada kecepatan hingga Mach 20, tetapi ia juga dapat menahan hampir setiap senjata duniawi. Ironisnya, ia juga membuktikan menjadi salah satu guru terbaik kelas 3-E yang pernah ada. Melatih kelas untuk unggul dalam studi mereka sebagai siswa dan keterampilan sebagai pembunuh, Koro-sensei yakin bahwa kecerdasan murid-muridnya dan gigih akan bisa mengembalikan mereka ke kampus utama. Melalui ralat dan galas, Nagisa Shiota, serta siswa lainnya dari Kelas 3-E, harus mencari tahu kelemahan Koro- sensei - dan cepat, untuk nasib dunia bergantung padanya.