Ansatsu Kyoushitsu Season 2 - Kembali dari liburan musim panas mereka, siswa Kelas 3-E di Kunugigaoka Middle School bergengsi menghadapi rintangan yang tak terkalahkan. Berhadapan dengan kemungkinan kehancuran dunia, siswa harus datang dengan cara yang semakin rumit dan kreatif untuk membunuh guru mereka, licik namun optimis dan membantu Koro- sensei. Namun, menghilangkan Koro- sensei bukan satu-satunya tujuan siswa perlu khawatir. Gakuhou Asano, kepala sekolah akademi yang kejam dan kejam, berusaha untuk mencegah keberhasilan kelas 3-E dengan mencuci otak murid-muridnya yang lain menjadi kompetitif mesin. Permusuhan mulai berlama-lama di udara sebagai pengkhianat dan pembunuh sama-sama mencoba untuk menuntut karunia atas kepala Koro- sensei untuk diri mereka sendiri. Nagisa Shiota, salah satu pembunuh kelas 3-E yang paling terampil, menemukan dirinya di tengah-tengah konflik. Sementara ia bekerja untuk mempertahankan berdiri akademiknya dan mencegah akhir dunia, urusan domestik membahayakan tempatnya di Kelas 3-E. Bersama teman sekelasnya yang berdedikasi, sekarang dia harus menghadapi ancaman.