No.6 - Bertahun-tahun yang lalu, setelah akhir perang dunia berdarah, manusia berlindung di enam kota-negara yang damai dan sempurna... setidaknya di permukaan. Namun, Shion - penduduk elit negara No. 6 - mendapatkan perspektif baru tentang dunia tempat tinggalnya, berkat kesempatan bertemu dengan seorang anak misterius, Nezumi. Nezumi ternyata hanya salah satu dari banyak yang tinggal di gurun terpencil di luar dinding utopia seharusnya. Tapi meskipun mengetahui bahwa anak laki-laki lain adalah buronan, Shion memutuskan untuk membawanya di malam hari dan melindunginya, yang mengakibatkan konsekuensi drastis: karena tindakannya, Shion dan ibunya kehilangan status mereka sebagai elit dan direlokasi di tempat lain, dan sisi gelap kota mulai membuat dirinya dikenal. Sekarang, waktu yang lama setelah kehidupan mereka-mengubah pertemuan pertama, Shion dan Nezumi akhirnya berkumpul lagi - mantan elit dan anak itu di jalankan akan memulai petualangan yang akan, pada waktunya, mengungkapkan rahasia menghancurkan dari No 6.